Lintudirektiivin on ollut toimiva osa EU lainsäädäntöä ja se on välttämätön työkalu lintupopulaatioiden taantumisen pysäyttämiseksi. Lintudirektiiviä ei ole kuitenkaan täysin sovellettu ja kokemus osoittaa, ettei se toimi yksin, vaan sen periaatteiden ja sisällön pitäisi olla osa laajempaa kokonaisuutta. Muu kehitys Euroopan Unionissa, kuten yhteisen maatalouspolitiikan kehitys, ovat johtaneet Euroopan linnuston kannalta erittäin huolestuttavaan tilanteeseen.

Lintudirektiivi on ollut tehokas työkalu joidenkin Euroopan uhanalaisimpien lajien suojelemisessa, kun sitä on täysin sovellettu yhdessä suunnitelmien ja riittävin resurssein. Esimerkkejä:

• Kokonaisuutena lintudirektiivin liitteen 1 lajien Euroopan kantojen viimeaikainen kehitys on ollut positiivisempi kuin muiden lajien.
• Lintudirektiivin liitteen 1 lajien kannankehitys on ollut Euroopassa parempi EU maissa kuin ei-EU-maissa (missä lintudirektiiviä ei tarvitse soveltaa) viime vuosina
• Esimerkiksi kiharapelikaanin (Peleganus grispus) ja madeirankeijun (Pterodoma madeira) suojelutilanne on parantunut huomattavasti toteutettujen lajisuojelusuunnitelmien ansiosta.
• Ne lintudirektiivin liitteen 1 lajit, joilla on euroopanlaajuinen lajisuojelusuunnitelma voivat paremmin kuin ne lajit, joilla ei ollut suunnitelmaa.
• Useiden lintudiorektiivin liitteen 1 lajien hyvinvointi johtuu todennäköisesti siitä, että lajien esiintymispaikat on huomioitu kattavasti Naturan 2000 -erityissuojelualueverkostossa (SPA).
• Lintudirektiivi on ollut menestyksekäs työkalu luonnonvaraisten lintujen kaupan poistamisessa ja se on vähentänyt kaupan minimiin koko EU:ssa.
• Lintudirektiivin pohjautuneet ennakkotapaukset kansallisessa ja EY-tuomioistuimessa ovat auttaneet selvittämään ristiriitoja suojelun ja kehityksen välillä ja täten ohjanneet päätöksentekoa.

Lintudirektiivi ei toimi yksin erillään muusta kehityksestä ja päätöksenteosta. Tämän vuoksi kokonaiskuva lintujen kannalta ei ole niin positiivinen:

• Erityisesti runsaiden, tuttujen lintulajien kannat ovat pienentyneet.
• Lintujen suojelutaso on laskenut Euroopassa.
• EU:ssa epäsuotuisan suojelutason lajien osuus kokonaislajistosta on suurempi kuin koko Euroopassa.
• Maatalousympäristön linnut vähenevät edelleen niin EU:n kuin koko Euroopan tasollakin, tämä johtuu maatalouden tehostumisesta ja EU:n yhteisestä maatalouspolitiikasta.
• Erityissuojelualueverkosto on valitettavasti kovin epätäydellinen kun sitä verrataan Euroopan tärkeät lintualueet kartoitukseen (IBA). Vain 44 % IBA-alueiden alasta on suojeltu erityissuojelualueverkostossa. Tilanne vaihtelee huomattavasti eri maissa.
• Lintudirektiivin liitteen 2 lajien (metsästettävät lajit) suojelutaso on keskimäärin huonontunut. 39:llä lajilla 79:stä lajista (46 %) on epäsuotuisa suojelutaso EU-maissa. Kun tarkastellaan koko Eurooppaan, niin lajien epäsuotuisan suojelutason lajien määrä on 31 (39 %).

Edellä mainituista muutoksista valtaosa johtuu maankäyttöpolitiikoista, kuten maatalouspolitiikasta. On kuitenkin huomattava, että tärkeiden lintualueiden suojelematta jättäminen ja suojelun viivyttäminen vaikuttaa myös laajamittaisesti linnustoon.

BirdLife Internationalin suosituksia ja tavoitteita seuraaville 25 vuodelle lintudirektiiviin toimeenpanon tehostamiseksi ja lintujen suojelutason parantamiseksi EU:ssa:

1. Lintu- ja luontodirektiivin täydellinen soveltaminen kaikissa EU-maissa.
2. Lintu- ja luontodirektiivin velvoitteiden integroiminen osaksi EU:n muita politiikkoja, kuten maatalouspolitiikkaa, liikennepolitiikkaa, aluepolitiikkaa ja energiapolitiikkaa.
3. Kansainvälisesti tärkeiden lintualueiden (IBA, Important Bird Area) suojeleminen osana erityissuojelualueverkkoa.
4. Suojelutasoltaan epäsuotuisten lajien huomiointi mahdollisissa lintudirektiivin liitteen 1 lajilistan täydentämisissä.
5. Riittävän yhteisörahoituksen varmistaminen luonnon suojelemiseksi LIFE-luonto tai vastaavan rahoitusvälineen avulla sekä EU:n prioriteettilajien listan tarkistaminen BirdLife Internationalin analyysien tulosten perusteella.
6. Laittoman lintujen kaupan kontrolloinnin jatkaminen ja tehostaminen tavoitteena sen loppuminen EU:n alueella.
7. Lintudirektiivin liitteen 2 lajien suojelusuunnitelmien teon ja toteuttamisen tehostaminen sekä yhteistyön lisääminen, jotta niiden lajien, joiden suojelutilanne on epäsuotuisa, kannankehitys kääntyy suotuisaksi.
8. Riittävien seurantamenetelmien laatiminen, jotta saadaan tarvittava tieto:
   • luonnonsuojeludirektiivien vaikutuksista niiden laatimiseksi asetettuihin päämääriin
   • monimuotoisuuden suojelutavoitteiden saavuttamisesta EU:ssa
   • erityissuojelualueverkon toimivuudesta sen asettamispäämääriin (lajikohtaiset indikaattorit kaikille erityissuojelualueille).
9. Tutkimuksen edistäminen ja tukeminen, jotta voidaan:
   • asettaa perustasot ja tavoitteet sekä tutkia Natura-verkon riittävyyttä ja toimivuutta
   • kehittää ennustusmalleja erilaisten muutosten, kuten ilmastonmuutoksen vaikutuksesta luonnon monimuotoisuuteen ja luonnonsuojeluluun
   • selvittää tiedonpuutteita ja priorisoida suojelutoimia
   • arvioida elinympäristöjen hoidon tarvetta ja kehittää menetelmiä.
10. Käyttää BirdLife Internationalin ehdottamia indikaattoreita yleisten lintujen, paikkojen ja uhanalaisten lintujen seurannassa EU-maissa ja laatia tulosten perusteella raportti kolmen vuoden välein.
11. Kehittää erityinen lainsäädäntö, jolla voidaan suojella lintuja ja muuta luontoa EU:n kaukaisilla erityisalueilla (esim. jotkin Karibianmeren saaret).