Kun puhutaan EU:n lintu- ja luontodirektiiveistä, huomio kiinnittyy yleensä niiden liitteisiin. Liitteiden lajiluetteloista selviää, mitä lajeja varten jäsenvaltioiden tulee perustaa Natura 2000 -alueita ja mitkä lajit edellyttävät tiukkaa suojelua.

Luontodirektiivi

• II-liitteen lajit: Yhteisön tärkeinä pitämät eläin- ja kasvilajit, joiden suojelemiseksi on osoitettava erityisten suojelutoimien alueita (Natura 2000 alueet). (Suomella on poikkeama karhun ja muutamien kalojen kohdalla)
• IV-liitteen lajit: Yhteisön tärkeinä pitämät eläin- ja kasvilajit, jotka edellyttävät tiukkaa suojelua. (Suomella on sudelle poikkeama - poronhoitoalueella sovelletaan liitteen V vaatimuksia)
• V-liitteen lajit: Yhteisön tärkeinä pitämät eläin- ja kasvilajit, joiden ottaminen luonnosta ja hyväksikäyttö voi vaatia hyödyntämisen sääntelyä

Lintudirektiivi

• I-liitteen lajit: Lajien elinympäristöjä on suojeltava erityistoimin, jotta varmistetaan lajien lisääntyminen ja eloonjääminen niiden levinneisyysalueella

Kaavoitukseen direktiivit vaikuttavat siinä kuin muuhunkin ihmistoimintaan. Esimerkiksi luontodirektiivin IV-liitteessä mainitut lajit ovat sellaisia, että niiden elinpaikkoja ei saa hävittää tai heikentää. Sama muutos on tekeillä myös luonnonsuojelulakiin - tämänhetkisen tekstin mukaan "selvästi havaittavia" elinpaikkoja ei saa hävittää tai heikentää. Lintudirektiivin kohdalla taas liitteen I lajien elinympäristöjä on suojeltava erityistoimin. Jos jotain näistä lajeista esiintyy kaavoitettavalla alueella, ne tulee huomioida. Muun muassa tämän vuoksi kattavat luontoselvitykset ovat monilla alueilla tarpeen. Vastuu asiassa on kaavoittajalla eli viime kädessä kunnalla.

Luettelot direktiivien liitteiden Suomessa esiintyvistä lajeista löytyvät esimerkiksi ympäristöministeriön internetsivuilta

Järjestöt kaavoitusta seuraamaan on BirdLife Suomi ry:n ja Suomen luonnonsuojeluliiton hanke, jonka tavoitteena on aktivoida järjestöjen jäseniä kaavoituksen seurantaan. Hanketta rahoittaa ympäristöministeriö. Hankkeessa mm. järjestetään kaavoitusaiheista koulutusta ja neuvotaan luonnonsuojelu- ja lintuyhdistyksiä kaavoitukseen liittyvissä asioissa.